Das Erstellen einer Webseite mit frei zu gestaltenden Interaktionen an Molekülen
Im folgenden möchte ich am Beispiel des Glycerins eine Webseite mit interaktiven Buttons erstellen, um somit die notwendigen Arbeitsschritte anzudeuten und eine kleine Einführung in die leicht erlernbare Programmiersprache „Rasmol-Script“ zu geben. Dabei soll auf der Seite das Glycerinmolekül auf Buttonklick gezoomt und in mehreren Molekülformen geändert werden können, sowie die funktionellen Gruppen hervorgehoben und schließlich die Oberflächengestalt und die Elektronegativitätspotenziale angezeigt werden. Außerdem erhält das Molekül eine Hinweis auf die Reaktionen bei der Lecithinbildung.
Zunächst ist eine Webseite vorzubereiten, die einfachste Lösung wäre das abspeichern einer „leeren Seite“ im NETSCAPE COMPOSER® beispielsweise als „glycerin.html“. Das Ergebnis sieht so aus
Übersicht (HTML-Grundgerüst):
| <!doctype html public
"-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
<html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"> <meta name="Author" content="XXXXX"> <meta name="GENERATOR" content="Mozilla/4.75 [de]C-tn4.0 (Win98; U) [Netscape]"> <title>glycerin</title> </head> <body text="#000000" bgcolor="#CCCCCC" link="#0000EE" vlink="#551A8B" alink="#FF0000"> .....==> Molekültext </body> </html> |
Im Anschluß
daran wird die Datei „glycerin.html“ mit einem Texteditor, beispielsweise
der aus dem WINDOWS-Zubehör, geöffnet. Wichtig ist, dass der
Name der Datei beibehalten wird. Die Stelle
.....==> Molekültext
(siehe Übersicht 1) wird durch den folgenden Text1
ersetzt.
Text 1:
| <p><embed border=0 src=glycerin.mol align=top width=25% height=25% spinx=10 spinz=10 spiny=10 palette=foreground startspin=false options3d=specular display3D=ball&stick palette=foreground name=glycerin BGCOLOR="#CCCCCC"></embed> |
Hier wird der Name
(z.B. glycerin)
festgelegt und das Aussehen des Moleküls beim Öffnen der Datei
„glycerin.html“ im Browser, so ist bei diesem Beispiel „ball&stick“
also die Kugel- Stab-Darstellung gewählt und das Molekül befindet
sich auf grauem Hintergrund „#CCCCCC“. Text
2 verursacht eine Zoom- Funktion. Bei Buttonklick
wird das gesamte Molekül auf 25O% vergrößert, beim erneuten
Klick wird das Molekül auf 100% zurückgesetzt. (target = Ziel,
siehe festgelegter Name, select * = alles auswählen)
Text 2:
| <p><b>Zoom</b><br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script="select *; color cpk; zoom 250">in<br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script=”select *; color cpk; zoom 100”>out |  |
Mit der Eingabe von
Text
3 ändert man die Moleküldarstellungen
(display) . Dabei bedeuten spacefill=Kalotten, ball&stick = Kugel-Stab,
stick= Stab und wireframe= Draht, Skelett. Das Experimentieren an den Zahlenwerten
und das Austauschen von „off“ und „on“ lässt schnell das Prinzip dieser
Angaben erkennen. So führt das Abschalten der spacefill-Funktion und
das Anschalten der wireframe-Funktion zur Skelettdarstellung des Moleküls
==> wireframe.
Text 3:
| <br><b>Display</b><br><embed
type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin
script="select *; color cpk; spacefill on; wireframe 40">spacefill
<br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script="select *; color cpk; spacefill 80; wireframe 40">ball& stick <br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script="select *; color cpk; spacefill off; wireframe 40">stick <br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script="select *; color cpk; spacefill off; wireframe on">wireframe |
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 |
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 |
Mit dem Script (siehe
Text
4) lassen sich Molekülbereiche
ansteuern, so z.B. die Hydroxyl-Gruppen.
Die Atomnummern
ermittelt man, in dem man auf entsprechende Atome mit der linken Maustaste
klickt. Die Atomnummer wird dann unten im Fenster eingeblendet. Alle Atome
werden vom ersten bis letzten Atom unabhängig von der Atomart durchnummeriert,
dies entspricht natürlich nicht den chemischen Nomenklaturregeln.
Text 4:
| <br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script="select atomno=4, atomno=5, atomno=6, atomno=12, atomno=13, atomno=14; color atoms blue">Hydroxylgruppen |  |
Text 5:
| <br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script="select atomno=4; label '+ Phosphocholin';select atomno=5; label '+ Palmitinsaeure'; select atomno=6; label '+ Oelsaeure';">Lecithinbildung |  |
Text 6:
| <br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script="select not solvent; surface molsurface white 0.45;">Oberflaechengestalt |  |
Text 7:
| <br><embed type="application/x-spt" width=12 height=12 button=push target=glycerin script="set mep distance 99.0; set charge function gasteiger; calculate charges refresh; list molsurface color potential;">EN- Potenzial |  |
Damit sei der kleine Exkurs in die Programmierung mit Rasmol-Scripten abgeschlossen. Die eben erstellte Seite ist hier zu sehen.
Selbstverständlich wird hier nur ein Bruchteil der Möglichkeiten aufgezeigt, vor allem bei der Bearbeitung von Makromolekülen zeigt sich die beeindruckende Leistungsstärke von „Rasmol“ und „Chime“. So lassen sich z.B. in Proteinen in Handumdrehen Wasserstoffbrücken und Schwefelbrücken oder gar ganze Proteinbänder (ribbons) kennzeichnen(siehe Linkempfehlungen).
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