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Der Vorgang eines Alignment kann (wie viele Probleme der Bioinformatik) auf das Problem, einen optimalen Pfad durch einen Graphen zu finden, reduziert werden.
Graphen:
Ein Graph ist eine Kollektion von Knoten und Kanten.
Knoten sind einfache Objekte.
Kanten sind Verbindungen zwischen den Knoten.
