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Die vier Treffer oder HSPs (high-scoring segment pairs) im Chromosomenarm 2L waren in der Übersicht der Alignments nicht als Vierfachtreffer zu erkennen, da die 4 HSPs überlappend sind und auf die Abfragesequenz kartiert werden. Sie sind in der Übersichtsgrafik untereinander dargestellt, eingeordnet gemäß ihres maximalen score.
Mehrfache HSPs in einer Vergleichssequenz sind als solche in der Übersicht zu sehen, wenn sie nicht überlappen, wie die beiden Treffer in der snail mRNA der Haus-Fliege.
