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Der weitere Vergleich der Ergebnisse zeigt, dass blastx zwar ähnliche Ergebnisse liefert wie blastn. So finden sich wieder diverse snail-Sequenzen aus anderen Drosophila-Spezies oder escargot von D. melanogaster und die Treffer mit geringerem Score beschränken sich auf die konservierte Region. Jedoch sind die Ergebnisse der beiden Suchen keinesfalls identisch, insbesondere in der Reihenfolge der Treffer.
Wieso unterscheidet sich der Treffersatz von blastn und blastx im Detail so erheblich?