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Ein Problem, das bisher nicht angesprochen wurde, ist die Bewertung der Kanten beim Alignment, oder, konkreter ausgedrückt, das Problem, wie Nukleotid- oder Aminosäureaustausche bewertet werden.
Wenn reine Nukleotidsequenzen verwendet werden, ist dies einfach zu lösen: Alle Austausche werden gleich gewichtet. Als Bewertungsbasis dient eine Einheitsmatrix als Austauschmatrix, bei der die identischen Positionen mit dem gleichen positiven Wert (Match Score), alle nicht-identischen Positionen mit dem gleichen negativen Wert (Mismatch Score) belegt werden.
Werden jedoch Aminosäuresequenzen oder in Aminosäuresequenzen übersetzte Nukleotidsequenzen betrachtet, ist das Problem komplexer:
Es gibt Aminosäureaustausche, die geringe oder keine Auswirkungen auf die Funktionsfähigkeit eines Proteins haben, und solche, die die Funktion des Proteins stark beeinflussen (etwa bei Nullmutationen). Das hängt davon ab, an welcher Position im Protein sich die veränderte Aminosäure befindet und ob sie gegen eine Aminosäure mit ähnlichen oder ganz anderen physikochemischen Eigenschaften ausgetauscht wird. So werden für Aminosäureaustausche viel komplexere Austauschmatrizen verwendet.