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Während die Alignment-Algorithmen nicht erkennen können, ob eine Aminosäure in einem aktiven Zentrum des Proteins oder in einem weniger wichtigen Teil positioniert ist, kann bewertet werden, ob sie gegen eine ähnliche oder eine in ihren Eigenschaften andersartige Aminosäure ausgetauscht wurde.
Ein Austausch von Isoleucin und Leucin wird in den meisten Fällen geringe Konsequenzen für das Protein haben; die Aminosäuren sind beide hydrophob und de facto gleich groß. Der Austasuch ist ein so genannter konservativer Austausch.