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Eine solche Austauschmatrix, die PAM250-Substitutionsmatrix, ist links dargestellt. PAM geht auf ein Modell von Dayhoff et al. (1978) zur evolutionären Veränderung von Proteinen zurück und steht für Point Accepted Mutation. Daraus entwickelten die Autoren "Matrices for detecting distant relationships".
Die dunkelgrau unterlegten Werte in der Diagonale sind positiv und bewerten Positionen mit identischen Aminosäuren in einem Alignment. Die Erhaltung eines Tryptophans (W) fällt dabei viel stärker ins Gewicht als die Erhaltung eines Serins (S).
Die hellgrau unterlegten Werte in der Matrix sind positiv und sind konservative Austauschen zugewiesen.