Mögliche Gründe dafür sind:

• Man sucht nach ähnlichen Proteinen, bei denen schon Daten über ihre Funktion vorhanden sind, um Hinweise über die mögliche Funktion einer neuen Proteinsequenz zu erhalten.
  
  
• Man möchte homologe Sequenzen aus anderen Organismen suchen, um aus dem Vergleich mit ihnen Rückschlüsse auf ihre Evolution ziehen zu können (so genannte phylogenetische Analysen).
  
  
• Wenn man nur einen Teil eines Gens sequenziert hat wie z. B. nach einem Transposon-tagging (Kursteil 4.4), kann man aus einer geeigneten Datenbank die vollständige genomische Sequenz erhalten und erspart sich somit weitere Sequenzier- und Klonierungsarbeiten.