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Wie beschrieben, wird für jedes Alignment durch die Benutzung der Substitutions-matrizes und der gap penalties ein Wert (score) errechnet, der die Güte des Alignments charakterisiert. Die Aussagekraft der Höhe des score selbst ist schwer zu beurteilen. Eingängiger ist der E-Wert (Expectancy / E-value), der aus dem score abgeschätzt wird Er gibt an, wieviele Alignments mit dem score S aus der benutzten Datenbank zu erwarten sind, die allein auf Zufall basieren.
Das bedeutet: Das Alignment ist umso signifikanter, je kleiner der E-Wert ist.
Bei kleinem E (E<0,01) ist E etwa gleich der Wahrscheinlichkeit P, dass in der benutzten Datenbank ein Alignment mit dem entsprechenden score S rein zufällig gefunden wird.
Der max score ist der score des längsten Bereiches des Alignments, der nicht durch ein Lücke unterbrochen ist. Der total score ist der score über die gesamte Länge des Alignments.
Die Angabe "8e-77" steht übrigens für 8 x 10-77.