Wir erhalten viele Treffer hoher Signifikanz (mit kleinem E-Wert), bei denen die HSPs wieder auf den konservierten Bereich der snail-cDNA eingeschränkt sind. Hier ist er meist etwas kleiner als zuvor, von den Basen etwa 1000 bis 1300.
Um etwas über die Bedeutung der konservierten Region der snail-cDNA zu erfahren, wird die Strategie der Datenbankabfrage mit BLAST geändert.