Grundsätzlich ist die Datenbankabfrage mit Proteinsequenzen empfindlicher als die Recherche mit DNA-Sequenzen.

Wenn Sie eine cDNA ansequenziert haben oder annehmen, dass eine neuartige DNA-Sequenz kodierende Regionen enthält, benutzen Sie blastx mit der Nukleotidsequenz. blastx translatiert die eingegebene DNA-Sequenz in allen sechs Leserastern und verwendet die Übersetzungen zur Suche in der Proteindatenbank.

Wenn bereits bekannt ist, welche Sequenz das Translationsprodukt hat, dann wird besser blastp mit der Aminosäuresequenz verwendet. Auch hier wird die Proteindatenbank abgesucht, aber mit dem Vorteil, dass Sie nicht mit sechs Suchsequenzen ins Rennen gehen, sondern nur mit einer.

Nur sehr nah verwandte sowie nicht-kodierende Sequenzen sollten auf Nukleotid-Ebene mit blastn verglichen werden.