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Die beiden anderen BLAST-Varianten tblastn und tblastx werden i.d.R. nur in speziellen Fällen eingesetzt:
tblastn vergleicht eine Proteinsequenz mit einer Nukleotiddatenbank, die dynamisch in allen sechs Leserastern übersetzt wird.
Dies kann nützlich sein, um die Datenbank nach bisher nicht-erkannten (nicht-annotierten) Homologen eines neuen Proteins abzusuchen.
tblastx übersetzt sowohl die Abfragesequenz als auch die Nukleotiddatenbank dynamisch in allen sechs Leserastern, sodass der Datenbankabgleich wiederum auf Proteinsequenz-Ebene ausgeführt wird. Dies wird i.A. nur mit ESTs (expressed sequence tags = ansequenzierte cDNA-Fragmente) gemacht, denn der Rechenaufwand ist sehr hoch. Eine Einschränkung der abzusuchenden GenBank-Datensets, z. B. die Begrenzung auf die Expressed Sequence Tags database (dbEST), oder auf bestimmte Organismen-Gruppen ist empfehlenswert.