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Neben einer Einschränkung auf die Nukleotidsequenzen vom humanen bzw. murinen Genom und Transkription sind folgende Auswahlen erwähnenswert:
| est | Datenbank der Expressed Sequence Tags (EST) Die ESTs werden gewonnen, indem mRNAs, die etwa in einem bestimmten Gewebe oder Organismus exprimiert sind, in cDNAs umgeschrieben und von den Enden ansequenziert werden.  Die ESTs sollen den jeweils exprimierten Teil des Genoms repräsentieren. Sie sind wichtige Hilfsmittel bei Genomprojekten für die Annotation von Genen, sind jedoch nicht in nr/nt enthalten. |
| dbsts | Datenbank von STS (sequence tagged sites). STS sind relativ kurze Sequenzen (200 - 500 nt), die in einem Genom mutmaßlich nur einmal vorkommen und zur physikalischen Kartierung eingesetzt werden. |
| htgs | high throughput genomic sequences Rohdaten aus den Genomprojekten, d.h. Sequenzen, die noch nicht auf potentielle ORFs und Homologien überprüft wurden, mit etwaig höherer Fehlerrate. htgs-Sequenzen sind nicht in der nr-Datenbank. |
| pdb | Sequenzen, die in der Protein Database (PDB) verzeichnet sind. Die durch pdb-Sequenzen repräsentierten Proteine sind dreidimensional charakterisiert. |