|
Seite 67 von 77 |
Außer bei einer Anpassung der Austauschmatrix für BLAST-Abfrage von Protein-Datenbanken, wenn etwa gezielt in evolutionär weiter entferten Organismengruppen gesucht wird, sollte die Matrix abhängig von der Länge der Suchsequenz eingestellt werden.
Für kurze Sequenzen müssen stringentere Matrizes gewählt werden, um aussagekräftige Ergebnisse zu erhalten.
| Länge der Abfragesequenz |
Substitutionsmatrix | |
| <35 | PAM30 | |
| 35-50 | PAM70 | |
| 50-85 | BLOSUM80 | |
| >85 | BLOSUM63 | |