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Ein Austausch einer relativ kleinen, sauren Aminosäure wie Asparaginsäure gegen eine große, hydrophobe Aminosäure, z. B. Tryptophan, wird jedoch in den meisten Fällen drastische Auswirkungen auf die Struktur und Funktion eines Proteins haben.
Bei der Berechnung eines Alignments sollte daher der Austausch von ähnlichen Aminosäuren weniger negativ gewichtet werden als der Austausch von Aminosäuren mit stark unterschiedlichen Eigenschaften.