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Damit Deletionen und Insertionen berücksichtigt werden können, müssen die Alignments Lücken (gaps) erlauben. Allerdings dürfen dabei nicht so viele Lücken eingeführt werden, dass die Alignments unplausibel werden. Dies wird dadurch erreicht, dass die Einführung von Lücken mit einem negativen Wert, einer Strafsumme (penalty), versehen wird.
In den meisten Fällen wird der Einführung einer Lücke mit einem konstanten Wert G (gap opening penalty) Rechnung getragen, und die Länge n einer Lücke mit n*L (L: gap extension penalty) bewertet.
Die Wahl der Werte für G und L ist rein empirisch; es existiert dazu keine allgemeingültige Theorie. In der Regel werden für G hohe Werte (10-15) und für L kleine Werte (1-2) gewählt, da Insertions- und Deletionsereignisse an sich relativ selten vorkommen, dann aber meist mehrere benachbarte Aminosäurereste betreffen.