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Unterhalb des BLAST-Buttons finden sich die Algorithm parameters. Zum einen wird angezeigt, welche Parameter für die verschiedenen BLAST-Varianten als Standard eingestellt sind. Zum anderen lassen sich die Parameter in bestimmten Grenzen für die Suche individuell ändern. Dies ist allerdings nur für wenige Anwendungen sinnvoll. |
General Parameters legen allgemeine Einstellung der jeweiligen BLAST-Variante fest, wie etwa die Größe des Abschnittes, mit der die eigentliche Suche durchgeführt und das Alignment initiiert wird (Word size).
Scoring Parameters definieren die Austauschmatrizen und die Kosten für etwaige Lücken im Alignment.
Filters and Masking erlauben das Ausblenden von Teilen der Suchsequenz, die zu etwaig falsch-positiven Treffern führen.