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Filters and Masking dient in erster Linie dem Management von etwaigen Low complexity regions in der Suchsequenz.
Sowohl Nukleinsäuren als auch Proteine können Sequenzen enthalten, die homopolymer sind, aus Wiederholungen kurzer Motive bestehen oder in denen einzelne oder mehrere Monomere stark überrepräsentiert sind.
Solche Sequenzen werden LCRs, Low Complexity Regions genannt.
LCRs können bei Datenbankabfragen Schwierigkeiten verursachen, weil sie zu falsch-positiven Alignments mit anderen LCRs führen, die zwar ähnlich, aber nicht evolutionär verwandt sind.
Dieses Problem wird umgangen, wenn die Filterung eingeschaltet ist.
Dabei werden die LCRs erkannt und im paarweisen Alignment standardmäßig als Folge grauer Kleinbuchstaben oder ggf. eine entsprechende Folge von X (bei Proteinen) bzw. N (bei Nukleinsäuren) dargestellt.