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Die Vorauswahl der BLAST-Variante, etwa ob bei Nucleotide BLAST blastn oder megablast, macht sich deutlich in den General Parameters und Scoring Parameters bemerkbar. Insbesonder die Bewertung des Aligments unterscheidet sich deutlich (siehe auch hier).
Existence bezeichnet Kosten für das Vorhandensein einer Lücke, Extension für deren Länge (siehe hier).