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Es ist zwar möglich, Gene mithilfe von natürlich vorkommenden P-Elementen zu taggen. Dieser Ansatz hat jedoch einige Nachteile:
1 . Ein P-Element kann auch aus dem markierten Gen wieder herausspringen, sodass u. U. nicht das richtige Gen isoliert wird.
2. Die meisten Stämme, die P-Elemente tragen, besitzen mehrere Kopien, sodass erst nach mehreren Rückkreuzungen festgestellt werden kann, welches P-Element das mutierte Gen markiert.
3. Aufgrund der simultanen Produktion des Repressors kommt die Transposition in der Keimbahn nur mit relativ geringer Frequenz, im Soma gar nicht vor.
4. Nach der Markierung des gewünschten Gens mit dem P-Element muss noch eine Bibliothek angelegt und darin der richtige Klon gefunden werden.
Diese Nachteile konnten durch Modifikationen der P-Elemente behoben werden.