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Wenn der Beweis durch Transformation und Rettung der Mutante nicht möglich ist, bietet sich der Vergleich der Sequenzen aus Wildtyp und Mutanten an. Dazu werden möglichst mehrere unabhängig gewonnene, mutante Allele sequenziert und mit dem Wildtyp verglichen. Wenn das Gen für den betrachteten Phänotyp verantwortlich ist, muss in jedem Allel, das aus einer Mutante stammt, eine Mutation vorkommen, die sich auf die Funktion des kodierten Proteins auswirken kann.
