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Um Hinweise über die Funktion der Sequenz zu bekommen, muss sie analysiert werden. Fast immer wird dazu auch nach Sequenzen gesucht, die schon bekannt oder der neuen Sequenz ähnlich sind. Dafür wird mit der neuen Sequenz eine Datenbank von bereits vorliegenden Sequenzen abgesucht.
In diesem Kapitel wird die Benutzung des Werkzeuges, das am häufigsten für die Suche nach ähnlichen Sequenzen genutzt wird, näher erläutert. Dabei wird auch kurz auf den theoretischen Hintergrund eingegangen.
Besondere Kenntnisse der Informatik sind hierfür nicht notwendig.