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Zunächst einige Definitionen:
Ähnlichkeit
Die Ähnlichkeit gibt den Grad der Übereinstimmung zweier Sequenzen an. Sie kann z.B. in Prozent der identischen Positionen in den Sequenzen quantitativ ausgedrückt werden.
Homologie
Als homolog werden Sequenzen bezeichnet, die auf eine gemeinsame Vorläufersequenz zurückgehen.
Homologe Sequenzen sind sich stets sehr ähnlich, aber nicht alle sehr ähnlichen Sequenzen sind homolog, stammen also nicht unbedingt von einer gemeinsamen Vorläufersequenz ab.
Im Labor-Jargon werden jedoch die Begriffe "Homologie" oder "homolog" leider häufig im Sinne von "Ähnlichkeit" oder "ähnlich" verwendet.