|
Seite 5 von 77 |
Man unterscheidet globale und lokale Alignments.
Bei einem globalen Alignment wird versucht, zwei Sequenzen über ihre gesamte Länge optimal zueinander anzuordnen. Auf diese Weise sollen konservierte Regionen sowie Abschnitte, die im Verlauf der Evolution Veränderungen erfahren haben, vor dem Hintergrund der Gesamtsequenz leicht fassbar dargestellt werden.
Ein globales Alignment liefert jedoch nur dann sinnvolle Ergebnisse, wenn die beiden Sequenzen tatsächlich homolog sind, d.h. auf eine gemeinsame Ursprungssequenz zurückführbar. Zudem sollten sie sich erst seit einem (evolutionär gesehen) kurzen Zeitraum getrennt voneinander entwickelt haben und damit lediglich geringfügig voneinander unterscheiden.