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Häufig findet man jedoch, dass Proteine nicht über ihre gesamte Länge hinweg ähnlich sind, sondern nur in bestimmten Abschnitten, die spezifische Funktionen innehaben. Solche Regionen bezeichnet man als Domänen.
Die beiden Entwicklungsgene tolloid und gurken haben z. B. die EGF-Domäne gemeinsam, die ursprünglich in einem Wachstumsfaktor von Säugetieren gefunden wurde. Darüber hinausgehend zeigen Tolloid- und Gurken-Proteine keine Homologie.
