Für globale und lokale Alignments werden unterschiedliche Algorithmen verwendet.

Algorithmus:
Ein Algorithmus ist ein genau definiertes Lösungsverfahren für ein bestimmtes Problem oder eine Klasse von Problemen. Algorithmen werden meist in Form von Computerprogrammen implementiert.

Für lokale Alignments wird heute vorwiegend der BLAST-Algorithmus verwendet, der für das Durchsuchen einer sehr großen Zahl von Vergleichssequenzen geeignet ist. In diesem Kapitel wird erläutert, wie Sequenzvergleiche zu einem Alignment führen, das entsprechend bewertet wird.
Im nächsten Kapitel wird die Benutzung des BLAST-Algorithmus zur Datenbankabfrage näher betrachtet.

BLAST steht übrigens für Basic Local Alignment Search Tool.