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Bei einem lokalen Alignment wird versucht, Teilabschnitte einer Sequenz mit anderen Sequenzen zu vergleichen.
Dabei werden auch Ähnlichkeiten zwischen kürzeren Domänen aufgedeckt, wenn sie von Regionen umgeben sind, die sich stark voneinander unterscheiden. So können Sequenzen gefunden werden, die in einer oder mehreren Domänen der Abfragesequenz ähnlich, aber ansonsten nicht verwandt sind.
