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Solche Ähnlichkeiten können mithilfe von globalen Alignments nur schwer gefunden werden.
Die Verwendung globaler Alignments ist auch dann problematisch, wenn cDNA-Sequenzen (aus denen die Introns herausgespleißt wurden) mit genomischen Sequenzen (die Introns enthalten) verglichen werden müssen.
In den meisten Fällen wird deshalb bei Datenbank-Recherchen mit so genannten lokalen Alignments gearbeitet.